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土地を売買するときに、色々な注意点がありますが、主な登記の注意点として、売主の住所変更登記はされているか？、売主に対する抵当権などの担保の登記は抹消できるか？があります。
それに加えて、存在しない建物の登記が滅失しているか？についても、注意をする必要があります。

建物の滅失の登記は、建物の真の所有者または所有権登記名義人から、建物は取り壊しなどの滅失事由が発生してから1か月以内に申請しなければなりません（不動産登記法第57条）。
これを怠ると10万円以下の過料に処せられることがあります。

上記条項によると、過去に取り壊しなどにより建物がなくなれば、建物の登記を滅失すべきです。しかし、過去の建物所有者が滅失登記をしていないため、この古い建物が登記上残ってしまっていることがあるのです。

こういう場合どのようなデメリットがあるのでしょうか。

主なデメリットとしては、宅建士を利用した不動産売買ができなくなることがあります。
宅建士は不動産を安全に取引するために業務を行いますので、実体と異なる登記があれば売買に先立ち抹消するように説明するからです。

また金融機関の融資が受けられないことがあります。
金融機関はお金を貸す担保として不動産に抵当権などを設定します。その不動産に実体と異なる建物登記が存するのは、担保実行時に支障となり得るので滅失登記しないと融資審査が下りないことになり得ます。

この場合どうすれば滅失登記できるでしょうか？

まず登記の住所を手がかりに所有権登記名義人に連絡を取りましょう。
滅失登記は建物登記を放置した原因者たる所有権登記名義人が申請すべきだからです。

また所有権登記名義人が死亡しているときは、その相続人が滅失登記を申請してもらうことになります。
所有権登記名義人やその相続人がわかれば事情を話して滅失登記に協力を依頼することになります。

しかし協力を拒否する場合やみつからない場合は、早期解決のため、土地所有者や現に存在する建物の所有者が利害関係人として法務局に対して、建物滅失登記の申出を行うことが出来ます。

申出を受けた法務局は、現地調査のうえ職権により建物の登記を抹消することができます。